La sua caratteristica principale è la vastissima foresta tropicale secca, la più grande area protetta di questo tipo nei Neotropici, ma include anche una varietà di altri habitat come foreste di querce, spiagge, mangrovie e acquitrini. Il parco si estende fino alla costa del Pacifico, ospitando spiagge come Playa Naranjo e Nancite, dove nidificano le tartarughe marine, e comprende i settori Murciélago e Santa Rosa.